2006年10月，为了加强学校的文化建设，增强师生爱校意识、作为二中人的责任感与自豪感，推动学生民主参与学校各方面建设的进程，学校决定在全校各年级同学中，征集北京二中校旗方案。受学校委托，北京二中团委、学生会负责此项工作。经过各班同学的精心设计，学生总共提交校旗设计稿件118份，最终选出入围方案9件，在学校教学楼进行了公示。经过同学的评选，综合各方面的意见，最终确定高一（8）班白冰、马婧文同学的方案为北京二中校旗。并在10月27日“北京二中文化节开幕式”上正式对外发布。
        红色的图形可以看作是数字“2”的变形，代表北京二中。金黄色的圆可看作是太阳，整个图形是一个正在舞动的人，体现二中学生的朝气。如果将“2”的尾巴看作一个桌面，整个图形又是一个正在伏案写作的人。象征二中全面育人。红色图形也看作是英文字母“V”，“V”在英文中的意思是Victory,代表胜利成功。也可以看作是一颗红心的变形，象征我们永远有一颗年轻跳跃的心。
        校旗含义：
        在金色的阳光中，我们怀着一颗年轻跳动的心走进北京二中。在这里，我们认真严谨地学习，感受丰富多彩的生活，学有特色，全面发展。我们带着各自的梦想，在二中哺育下，走向成功，走向辉煌。

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在校园文化节上宣布校旗方案

校旗